Doch der See hat leider auch "eine dunkle" Geschichte.
Seit in den 1960er Jahren der Nilbarsch (Lates niloticus) in den See gesetzt wurde, ging der Bestand der dort vorkommenden Fische drastisch zurück.
Von knapp 120 räuberisch lebenden Fischarten, welche endemisch (nur dort) im Lake Victoriasee gibt es heute nur noch 5.
Harpagochromis sp. orange rock hunter zum Beispiel, kommt nur noch auf einem wenige Quadratmeter großem Flecken im See vor.